—     Фондовый;
—     Экспозиционно-выставочный;
—     Экскурсионно-массовый;
—     Научно-методический;
—     Общей истории, археологии и этнографии;
—     Природы;
—     Технический;

Филиалы:

—     Жанаозенский городской филиал;
—     Тупкараганский районный филиал;
—     Мангистауский районный филиал;
—     Бейнеуский районный филиал;
—     Каракиянский районный филиал.

В последние годы новым экспонатом, заинтересовавшим представителей научной среды стала реконструкция украшения коннской сбруи гуннской эпохи, воссозданной на основе артефактов культово-погребального Алтынказган.

Кроме того, большое значение имеют артефакты, найденные на городище Каракабак, на раскопках средневековых городов Кызылкала и Кетиккала, которые относятся к нескольким археологическим периодам.

Мангистау называют «землей семи народов», населявших эту территорию в прошлом. В фондах музея хранятся доспехи Суюнгары Ургенишбайулы, одного из предводителей при расселении и освоении казахами рода адай Мангистау.

Ценными экспонатами в экспозиции музея, посвященной жертвам политических репрессий 30-х годов ХХ века являются печать, четки, книги проповедника ислама, ученого-геолога, закончившего университет в индийском городе Бомбей (ныне Мумбаи), деятеля Алашского движения Оразмаганбета Турмаганбетулы.

В витринах по теме «Мангистау в годы Великой Отечественной войны» представлены фотографии участников сражений и тружеников тыла, ордена и медали, образцы вооружения и осколки снарядов, солдатские письма и архивные документы тех лет.

Благодаря государственной и региональной программе «Культурное наследие» музей выпустил каталоги «Виды Текемета», «Шерстяные изделия юрты», а также фотоальбом «Ювелирное искусство Мангистау», «Музей қорындағы ақша үлгілері».